И что делать мне в данной ситуации?

Здравствуйте. 

Таким образом Ваша начальница «готовится к суду», чтобы в суде заявить, что она обнаружила необоснованность претензий и уже восстановила Вас и заплатила за простой. 

Судебные издержки, разумеется, не уплачены, поскольку их судьбу будет разрешать суд. Возможно, начальница надеется на бессистемность в этом вопросе в судебной практике, поскольку суд может как отказать Вам в требованиях в силу исполнения ответчиком предмета претензии, так и удовлетворить иск, но отметить в решении, что требования фактически исполнены. Возможны многие другие варианты.

Что касается правомерности приказов начальницы… здесь тоже не все однозначно, все будет зависеть от Вашей позиции в суде. Можете упирать на то, что считаете эти акты работодателя недействительными. Можете приступить к работе. Вариантов много. 

Удачи.

Здравствуйте! Возможно, что получив копию искового заявления, Ваш работодатель, изучив его, понял, что Вас все равно восстановят и хочет избежать излишних трат в части компенсации за несвоевременно выплаченную заработную плату. А также избежать возможных проблем с ИФНС и фондами при сдаче отчетов и уплате налогов. Также, возможно, попросит отозвать исковое заявление, ссылаясь на то, что он Вас восстановил, когда Вы выйдете на работу.

В случае, если Вы оставите заявление и если суд примет решение о восстановлении, то Вам будет положена выплата в размере среднего заработка за время вынужденного прогула, уменьшенная на размер выходного пособия (ст. 396 ТК РФ, ст. 211 ГПК РФ). Простой в данном случае неприменим.  

Решение о выплатах Вам возмещения за судебные издержки и компенсации морального вреда может вынести только суд. 

Первый вариант ваших действий: выйти на работу, отозвать исковое заявление, либо подписать мировое соглашение с работодателем, тем самым прекратить судебное разбирательство, продолжить работать на прежнем месте. Второй: выйти на работу, при этом не отзывать исковое, ждать решения суда. Третий: не выходить на работу и ждать решения суда.