Законно ли прекращение индексации пенсии?

Да, вправе были снять надбавку. Нельзя быть ни ООО, ни ИП, никакими директорами компаний. Вы считаетесь работающим. Закрывайте быстрее свою компанию, где вы директор через Налоговую инспекцию… Если бы вы были инвалидом 2 группы, тогда бы у вас надбавка сохранилась. У 3 группы нет такой льготы.

ПРАВИТЕЛЬСТВО МОСКВЫ ПОСТАНОВЛЕНИЕ от 17 ноября 2009 г. N 1268-ПП О РЕГИОНАЛЬНОЙ СОЦИАЛЬНОЙ ДОПЛАТЕ К ПЕНСИИ

5. Право на получение региональной социальной доплаты к пенсии (далее по тексту — региональная социальная доплата) имеют неработающие пенсионеры, получающие пенсию или пожизненное содержание (далее по тексту — пенсия) в городе Москве (независимо от вида получаемой пенсии и органа, которым она выплачивается) и зарегистрированные в городе Москве по месту жительства или по месту пребывания.

К неработающим пенсионерам относятся пенсионеры, не осуществляющие работу и (или) иную деятельность, в период которой они подлежат обязательному пенсионному страхованию в соответствии с Федеральным законом от 15 декабря 2001 г. N 167-ФЗ «Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации», а также получающие пенсию дети, не достигшие возраста 18 лет.

ПРАВИТЕЛЬСТВО МОСКВЫ ПОСТАНОВЛЕНИЕ от 27 ноября 2007 г. N 1005-ПП ОБ УТВЕРЖДЕНИИ ПОЛОЖЕНИЯ О НАЗНАЧЕНИИ И ВЫПЛАТЕ ЕЖЕМЕСЯЧНЫХ КОМПЕНСАЦИОННЫХ ВЫПЛАТ (ДОПЛАТ) К ПЕНСИЯМ И ЕДИНОВРЕМЕННЫХ ВЫПЛАТ, ОСУЩЕСТВЛЯЕМЫХ ЗА СЧЕТ СРЕДСТВ БЮДЖЕТА ГОРОДА МОСКВЫ

6. Право на ежемесячную компенсационную выплату к пенсии, указанную в подпункте «а» пункта 2 настоящего Положения, имеют пенсионеры, получающие пенсию в городе Москве (независимо от ее вида и органа, которым она выплачивается), зарегистрированные в городе Москве по месту жительства на день обращения за назначением ежемесячной компенсационной выплаты к пенсии, при наличии регистрации в городе Москве по месту жительства не менее 10 лет в общей сложности (включая время проживания на присоединенной к городу Москве территории), и относящиеся к следующим категориям:

и) инвалиды 1 и 2 группы независимо от места работы и занимаемой должности;

Здравствуйте Михаил Евгеньевич.

С 2007 года я являлся генеральным директором компании, в 2015 году она прекратила какие либо работы и соответственно отчисления в пенсионный и другие виды налогов. Но до сих пор числится на мне и висит в базе в налоговом органе. 

Это понятно. Но согласно действующему законодательству трудовые правоотношения возникают на основании трудового договора, именно в рамках этого соответственно работодатель производит и отчисления взносы на социальное и пенсионное страхование работника.

В соответствии со статьей ТК РФ Статья 16. Основания возникновения трудовых отношений следует что:

Трудовые отношения возникают между работником и работодателем на основании трудового договора, заключаемого ими в соответствии с настоящим Кодексом.

В соответствии со статьей ТК РФ Статья 20. Стороны трудовых отношений следует что:

Сторонами трудовых отношений являются работник и работодатель.
Работник — физическое лицо, вступившее в трудовые отношения с работодателем.
Работодатель — физическое лицо либо юридическое лицо (организация), вступившее в трудовые отношения с работником. 

С Вами трудовой договор заключался? Если да он Вы были уволены был ли прекращен трудовой договор и по какому основанию если это действительно так? Уточните пожалуйста.

Здравствуйте, Михаил Евгеньевич.

Согласно ст. 7 закона № 167-ФЗ Вы относитесь к категории застрахованных лиц.

1. Застрахованные лица — лица, на которых распространяется обязательное пенсионное страхование в соответствии с настоящим Федеральным законом.

работающие по трудовому договору, в том числе руководители организаций, являющиеся единственными участниками (учредителями), 

Поэтому, в силу ст. 26.1 закона № 400-ФЗ индексацию Вам делать не должны пока Вы являетесь директором этой компании. Чтобы получить право на индексацию пенсии Вам нужно перестать числиться директором этой компании.