Или как мне помочь сотруднику?

Добрый день. Если не принципиальны именно трудовые отношения, то оптимально — работа по договору подряда/услуг.

Поскольку, согласно ст. 67 ТК:

При фактическом допущении работника к работе работодатель обязан оформить с ним трудовой договор в письменной форме не позднее трех рабочих дней со дня фактического допущения работника к работе.

То есть вы должны были делать отчисления в фонды за работника с февраля прошлого года. А по договору подряда можно прописать различные формы оплаты, в том числе натуральные, оплату жилья работнику и т.д. Но и налог за него нужно платить с выплат. Это на случай, если будут глубоко копать и не хватит просто предоставления договора.

Здравствуйте Наталья.

Могу ли я устроить его по трудовому договору задним числом. У меня ИП (есть и ООО). 

Не можете, это нарушение законодательства РФ, более того такой документ будет являться поддельным за что предусмотрена уголовная ответственность (https://ypravo.com/falsifikaci...)

Какие штрафы и взносы нужно будет выплатить? Либо гражданско-правовой договор? 

Никаких, так как Вы с ним не состояли в трудовых правоотношениях или в правоотношения по договору гражданского правового характера. Все остальное незаконно и не стоит совершать таких необдуманных противоправных действий.

Или как мне помочь сотруднику?

Есть законодательство РФ, согласно которому определены и иные документы которые могут быть предоставлены как подтверждение источника доходов  в РФ при решении вопроса о приобретении гражданства РФ.

Согласно положениям Указа Президента РФ от 14.11.2002 N 1325   «Об утверждении Положения о порядке рассмотрения вопросов гражданства Российской Федерации»  следует что:

документы (документ), подтверждающие (подтверждающий) наличие законного источника средств к существованию и величину дохода за период проживания на территории Российской Федерации с 1 января по 31 декабря года, предшествовавшего дате обращения с заявлением (справка о доходах физического лица, налоговая декларация по налогу на доходы физических лиц с отметкой налогового органа, справка с места работы, трудовой договор, трудовая книжка, пенсионное удостоверение или справка территориального органа Пенсионного фонда Российской Федерации о назначении пенсии, подтверждение о получении алиментов, справка о наличии вклада в кредитной организации с указанием номера счета, свидетельство о праве на наследство, справка о доходах лица, на иждивении которого находится заявитель, либо иной документ, подтверждающий получение доходов от не запрещенной законом деятельности);

Сама государственная услуга уполномоченным органом предоставляется в рамках Приказа МВД РФ от 16 сентября 2019 года N 623 «Об утверждении Инструкции об организации деятельности Министерства внутренних дел Российской Федерации и его территориальных органов при рассмотрении заявлений по вопросам гражданства Российской Федерации и принятии по ним решений» полный текст по ссылке:http://docs.cntd.ru/document/5...

Официально трудоустроить я планировала его со следующего месяца. 

А если ситуация такова что он у Вас фактически работал, но без оформления т.е. в «серую», и Вы сами подтвердите это заключив договор с ним, то Вы можете понести административную ответственность по статьям

КоАП РФ Статья 5.27. Нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права

http://www.consultant.ru/docum...

КоАП РФ Статья 18.15. Незаконное привлечение к трудовой деятельности в Российской Федерации иностранного гражданина или лица без гражданства

http://www.consultant.ru/docum...

А также по ссылке:https://nalog-nalog.ru/strahov...

зачем самому себе фактически «подписывать приговор», оно того не стоит.

Поэтому все нужно решать согласно действующему законодательству, если у него возникают проблемы с подтверждением, обратиться дополнительно в уполномоченный орган по вопросу получения дополнительной консультации в целях разрешения вопроса.