С какими проблемами можно столкнуться, взяв комнату в общежитии с незаконной перепланировкой в аренду под выкуп?

Добрый день.
Для ответа на Ваш вопрос необходимо смотреть документы.
Перепланировка бывает разная, она может быть мелкой и капитальной.
В первом случае ничего страшного, можно официально оформить перепланировку постфактум.
Во втором случае всё сложнее, если кто-то узнает, то могут потребовать снести все ваши перестройки, вернуть в первозданный вид, назначить штраф. 

Также могут быть сложности с постановкой на учет и последующей продажей.