Добрый день, Павел.
Документация о закупке содержит условие о том, что
«Если победитель закупочной процедуры, или участник закупочной процедуры, с которым заключается договор, применяет упрощенную систему налогообложения, цена, указываемая в договоре, уменьшается с учетом ставки по налогу на добавленную стоимость (НДС).»
Данное условие также нашло свое отражение в тексте контракта.
Поэтому уменьшение цены правомерно. Вас ставили в известность, поэтому жалоба будет неправомерной. Вот если бы извещение не содержало подобного условия о снижении цены договора, тогда было бы нарушение.
В силу п. 5 ч. 9 ст. 4 ФЗ «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц» от 18.07.2011 N 223-ФЗ
В извещении об осуществлении конкурентной закупки должны быть указаны следующие сведения:
сведения о начальной (максимальной) цене договора (цена лота), либо формула цены, устанавливающая правила расчета сумм, подлежащих уплате заказчиком поставщику (исполнителю, подрядчику) в ходе исполнения договора, и максимальное значение цены договора, либо цена единицы товара, работы, услуги и максимальное значение цены договора;