Здравствуйте. Подтверждением выполнения принимающей стороной и (или) иностранным гражданином действий, необходимых для его постановки на учет по месту пребывания, является отметка в отрывной части бланка уведомления о прибытии иностранного гражданина в место пребывания, проставляемая в установленном порядке органом миграционного учета, гостиницей или организацией федеральной почтовой связи.
То есть Вы предъявляете отрывную часть уведомления с отметкой почтового отделения, можете вместе с чеками об оплате почтового отправления, а то, что уведомление не попало в электронную базу, это уже будет не Ваша печаль, поскольку Вы или принимающая сторона данный момент никак не можете проконтролировать.
Если понадобится дальнейшая консультация или помощь в обжаловании действий сотрудников миграционного органа, обращайтесь!