Добрый день Мария!
Исходя из описанных в вопросе обстоятельств, по всей видимости, Вас интересует обоснованность применения ставки налога на добавленную стоимость в размере 0% в соответствии с правилами, установленными ст. 165 Налогового кодекса РФ.
В случае, если налогоплательщик в установленный 180-дневный срок не представляет в налоговый орган пакет документов, подтверждающих право на применение нулевой ставки НДС, то имеется риск доначислений по полной ставке НДС (20%) в случае организации выездной налоговой проверки. Так, в ходе выездной налоговой проверки налоговая инспекция может обнаружить нарушения, которые не были выявлены в ходе камеральной налоговой проверки (см. Определение КС РФ от 10.03.2016 N 571-О).
Кроме того, определенно возникнут проблемы с аудитом, в случае, если в организации требуется обязательный аудит в связи со сдачей годовой отчетности.