Здравствуйте, Екатерина!
Ваш отец является собственником квартиры, следовательно, ему как собственнику в силу статьи 209 Гражданского кодекса РФ принадлежат права владения, пользования и распоряжения своей квартирой. Как собственник, он вправе предоставить квартиру во владение или в пользование на основании договора найма, договора безвозмездного пользования или на ином законном основании (статья 30 Жилищного кодекса РФ). Собственник по своему усмотрению вправе совершать в отношении своей квартиры любые действия, не противоречащие закону.
Ваш отец, как собственник квартиры, обладает перечисленными выше правами независимо от того, прописан (зарегистрирован) он в этой квартире или нет. То есть принятие решения о вселении в квартиру Вашего супруга и о прописке в ней является прерогативой собственника квартиры.
Таким образом, без согласия отца Вы не сможете прописать Вашего супруга в этой квартире.