Будет ли действовать преюдиция в указанной ситуации?

Здравствуйте, Сергей! В арбитражном процессе, так же обстоят дела?

Конечно. Аналогичные нормы права — п. 2 ч.1 ст. 127.1 АПК РФ и п. 2 ч. 1 ст. 150 АПК РФ. Приношу свои извинения за то, что не увидел сразу обозначенный Вами раздел — арбитраж.

Так, ст. 127.1 АПК РФ:

1. Судья отказывает в принятии искового заявления, заявления, если:
2) имеются вступивший в законную силу принятый по спору между теми же лицами, о том же предмете и по тем же основаниям судебный акт арбитражного суда, суда общей юрисдикции или компетентного суда иностранного государства, за исключением случаев, если арбитражный суд отказал в признании и приведении в исполнение решения иностранного суда, а также определение о прекращении производства по делу в связи с принятием отказа истца от иска или утверждением мирового соглашения сторон либо определение об отказе в принятии искового заявления, заявления;

и

ст. 150 АПК РФ:

 
1. Арбитражный суд прекращает производство по делу, если установит, что:

2) имеется вступивший в законную силу принятый по спору между теми же лицами, о том же предмете и по тем же основаниям судебный акт арбитражного суда, суда общей юрисдикции или компетентного суда иностранного государства, за исключением случаев, если арбитражный суд отказал в признании и приведении в исполнение решения иностранного суда;