Кассы установила в мае, как положено, но их 2, т, к магазина 2 вот и переживаю, что придёт проверка и спросит как я на 2-ж магазинах одна работаю

Елена, здравствуйте.

Что Вам сказать. Это вопрос из теории вероятности -возникнут ли к Вам вопросы или нет, заметят или не заметят, повезет — не повезет. 

По идее, содержится состав административного правонарушения, предусмотренный п.4 ст.14.5 КоАП РФ http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34661/3824bbacc6e85f19f12895b0ee20f3bbae92f439/

4.Применение контрольно-кассовой техники, которая не соответствует установленным требованиям,либо применение контрольно-кассовой техники с нарушением установленных законодательством Российской Федерации о применении контрольно-кассовой техники порядка регистрации контрольно-кассовой техники, порядка, сроков и условий ее перерегистрации, порядка и условий ее применения — влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от полутора тысяч до трех тысяч рублей; на юридических лиц — предупреждение или наложение административного штрафа в размере от пяти тысяч до десяти тысяч рублей. 

 Теоретически - Вы можете трудоустроить людей задним числом, направить корректирующую отчетность по НДФЛ, страховым взносам, по СЗВ-М, доперечислить все эти бюджетные платежи и  сформировать чеки коррекции по проведенным операциям в кассе. В этом случае, ответственности по ст.19.5 КоАП РФ Вы подлежать не будете в соответствии с ее примечанием. (ознакомьтесь с ним.) Но тут речь пойдет об ответственности  по неполной уплате бюджетных платежей по ст.122 НК РФ.

Внушает оптимизм тот факт, что до сих пор Вам не предоставили писем о предоставлении пояснений и не было контрольной закупки, а именно эти мероприятия производятся при наличии претензий.

То что трудоустраиваете работников -это верно конечно, но следует иметь ввиду, что устраивая работников на 0,5 ставки Вы оставляете вопросы для той же инспекции труда. 

Я к тому, что если за один день один и тот же кассир оформлял от своего имени чеки полный рабочий день, и так происходит постоянно, то вопросы к Вам у инспекции также возникнут.

По расчетам — НДФЛ удерживается из заработной платы работника, взносы на обязательное пенсионное и медицинское страхование, от несчастных случаев уплачиваются за Ваш счет и исчисляются исходя из размера заработной платы.