Могут ли меня уволить за прогул, если имеет место задержка при выплате зарплаты?

Здравствуйте. 

В соответствии со ст. 142 ТК РФ,

в случае задержки выплаты заработной платы на срок более 15 дней работник имеет право, известив работодателя в письменной форме, приостановить работу на весь период до выплаты задержанной суммы. Не допускается приостановление работы:

— в периоды введения военного, чрезвычайного положения или особых мер в соответствии с законодательством о чрезвычайном положении;
в органах и организациях Вооруженных Сил Российской Федерации, других военных, военизированных и иных формированиях и организациях, ведающих вопросами обеспечения обороны страны и безопасности государства, аварийно-спасательных, поисково-спасательных, противопожарных работ, работ по предупреждению или ликвидации стихийных бедствий и чрезвычайных ситуаций, в правоохранительных органах;
— государственными служащими;
— в организациях, непосредственно обслуживающих особо опасные виды производств, оборудования;
— работниками, в трудовые обязанности которых входит выполнение работ, непосредственно связанных с обеспечением жизнедеятельности населения (энергообеспечение, отопление и теплоснабжение, водоснабжение, газоснабжение, связь, станции скорой и неотложной медицинской помощи).

В период приостановления работы работник имеет право в свое рабочее время отсутствовать на рабочем месте. 

Следовательно, увольнение за прогул в вашем случае будет неправомерным.
Если вам будет необходимо составить исковое заявление, иные процессуальные документы, либо возникнут дополнительные вопросы, обращайтесь в личные сообщения.