Насколько правомерны действия учителя, поставившего двойку по физкультуре за теорию?

Здравствуйте, Майя!

Физкультура — это обязательный предмет в общеобразовательной школе. Каждый ученик должен освоить учебную программу данного предмета.

Согласно п. 10 ч. 3 ст. 28 Федерального закона от 29.12.2012 N 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» к компетенции образовательной организации в установленной сфере деятельности отнесено осуществление текущего контроля успеваемости и промежуточной аттестации обучающихся, установление их форм, периодичности и порядка проведения. 

Медсправка-освобождение от физкультуры не освобождает от освоения данного учебного предмета. В Вашем случае справка освобождает от физических упражнений, нагрузок, т.е. от практической части урока. Соответственно Ваша дочь должна присутствовать на уроках физкультуры и выполнять задания учителя, а именно теоретическую часть урока, который руководствуется п.3 ч. 2 ст. 28  Федерального закона от 04.12.2007 N 329-ФЗ (ред. от 02.08.2019) «О физической культуре и спорте в Российской Федерации»:

Статья 28. Физическая культура и спорт в системе образования

2. Организация физического воспитания и образования в образовательных организациях включает в себя:

3) формирование у обучающихся навыков физической культуры с учетом индивидуальных способностей и состояния здоровья, создание условий для вовлечения обучающихся в занятия физической культурой и спортом.