Здравствуйте.
Статус компании банкрот никак не влияет на начисление пени. По отношению к Вам этой действующая организация, который Вы должны оплатить задолженность. Признание компании банкротом не списывает Вам долг.
Что касается пени, то компания вправе их начислить вплоть до даты погашения вами долга.
Относительно приказа
ГПК РФ Статья 129. Отмена судебного приказа
При поступлении в установленный срок возражений должника относительно исполнения судебного приказа судья отменяет судебный приказ. В определении об отмене судебного приказа судья разъясняет взыскателю, что заявленное требование им может быть предъявлено в порядке искового производства. Копии определения суда об отмене судебного приказа направляются сторонам не позднее трех дней после дня его вынесения.
Статья 128 ГПК РФ. Извещение должника о вынесении судебного приказа (действующая редакция)
Судья высылает копию судебного приказа должнику, который в течение десяти дней со дня получения приказа имеет право представить возражения относительно его исполнения.
Если срок не пропущен Вы вправе подать возражения и приказ отменят. После будет иск и судебные заседания. на них Вы вправе возражать относительно пени и просить их снизить на основании ст. 333 ГПК РФ.