Здравствуйте, Кристина!
Порядок оформлении сделки в этом случае следующий:
Составляется и подписывается договор купли-продажи квартиры в котором указана неоплаченная ещё продавцом сумма, равняющаяся сумме материнского капитала; идёте в Росреестр регистрировать переход права на квартиру; продавец подаёт заявление в Пенсионный Фонд желании направить материнский капитал на оплату квартиры( такое право ему предоставлено Федеральным законом «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ).
После принятия решения о перечислении, Пенсионный Фонд переводит средства. На практике продавцы недвижимости получают деньги через два месяца после оформления сделки.