Здравствуйте, Ксения!
Если повестка не была вручена Вашему сыну под подпись должностным лицом военного комиссариата, значит, она не была вручена. Оснований для явки в военный комиссариат нет.
Постановление Правительства РФ от 11 ноября 2006 г. N 663 «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации»
7. Вручение повесток призывникам производится под расписку работниками военных комиссариатов муниципальных образований (органов местного самоуправления поселений и органов местного самоуправления городских округов на территориях, на которых отсутствуют военные комиссариаты муниципальных образований) или по месту работы (учебы) призывника руководителями, другими должностными лицами (работниками) организаций, как правило, не позднее чем за 3 дня до срока, указанного в повестке.
Но, даже если бы повестка была вручена должным образом, ответственность за однократную неявку грозит только административная.
КоАП РФ Статья 21.5. Неисполнение гражданами обязанностей по воинскому учету
Неявка гражданина, состоящего или обязанного состоять на воинском учете, по вызову (повестке) военного комиссариата или иного органа, осуществляющего воинский учет, в установленные время и место без уважительной причины, неявка в установленный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию, а равно несообщение в установленный срок в военный комиссариат или в иной орган, осуществляющий воинский учет, об изменении семейного положения, образования, места работы или должности, о переезде на новое место жительства, расположенное в пределах территории муниципального образования, или место пребывания —
влечет предупреждение или наложение административного штрафа в размере от ста до пятисот рублей.
С Уважением!