Какие документы подписывать с контрагентом, если ты ИП на УСН 6%

Добрый день. 

По вопросу 1 и 2 

Налоговую будет интересовать учет и правильное отражение выручки, т.е. КУДиР.

На самом деле наличие договора, акта, счета могут, в силу Вашей системы налогообложения и статуса ИП понадобиться прежде всего во взаимоотношениях именно с заказчиком. При этом они могут быть оформлены в том числе и путем обмена электронными письмами. Об этом прямо говорит

ГК РФ Статья 434. Форма договора

1. Договор может быть заключен в любой форме, предусмотренной для совершения сделок…

2. Договор в письменной форме может быть заключен путем составления одного документа, подписанного сторонами, а также путем обмена письмами..., в том числе электронными документами, передаваемыми по каналам связи, позволяющими достоверно установить, что документ исходит от стороны по договору.
Электронным документом, передаваемым по каналам связи, признается информация, подготовленная, отправленная, полученная или хранимая с помощью электронных, магнитных, оптических либо аналогичных средств, включая обмен информацией в электронной форме и электронную почту

по вопросу 3

Вы путаете понятие договора и формы его заключения. Договор это  прежде всего соглашение об определении существенных условий Вашей работы с заказчиком. В какой форме он может быть  заключен я указал выше. При этом выставление заявки, с указанием того, что Вам необходимо сделать, а так же условий, на каких Вы это делаете и Ваше принятие данных условий и работа по заявке тоже является договором. Если речь о том можно ли работать лишь по заявке — да возможно, законом в данном случае это не запрещено.

По вопросу 4

Да, Вы можете оговорить условие, что непредоставление возражений по счету в течении определенного времени подтверждает факт принятия работ и отдельный акт приемки не подписывается. Обмениваться подписанными актами посредством обмена эл.письмами возможно, но это условие так же стоит закрепить в договоре. Собственно заключать договор именно письменно на бумаге не обязательно. Договор и документы по его исполнению в эл.форме также являются законными и действительными.

С уважением Евгений Беляев