Здравствуйте Арамис.
Да, Вас снимут с учета, это является основанием согласно законодательству РФ.
ПРАВИТЕЛЬСТВО РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 7 сентября 2012 года N 891
О порядке регистрации граждан в целях поиска подходящей работы, регистрации безработных граждан и требованиях к подбору подходящей работы
Правила регистрации безработных граждан
УТВЕРЖДЕНЫ постановлением Правительства Российской Федерации от 7 сентября 2012 года N 891
20. Снятие с регистрационного учета безработных граждан осуществляется государственными учреждениями службы занятости населения в следующих случаях:
б) прохождение профессионального обучения или получение дополнительного профессионального образования по направлению государственных учреждений службы занятости населения с выплатой стипендии;
http://docs.cntd.ru/document/9...
Сразу снимут с учета или позже?
Снимут с учета, только если Вы будете обучаться там, куда Вам выдала направление служба занятости, и там же получать стипендию.