Виталий, здравствуйте.
Возврат подоходного налога в связи с применением налогового вычета сам по себе ни коим образом не исключает регистрацию в качестве ИП. И в свою очередь регистрация ИП никак не влияет на применение налогового вычета. Право на вычет в любом случае остается. Единственным моментом, на который следует обратить внимание, будет являться применение ИП, являющимся одновременно работником по найму, общей системы налогооблажения, в рамках которой ИП должен учитывать свои доходы и платить НДФЛ в том числе с доходов от предпринимательской деятельности, соответственно и сумма, подлежащая к возврату, как излишне уплаченный НДФЛ, может меняться. В соответствии с п.1 ст.210 НК РФ
1. При определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212настоящего Кодекса.
В случае же применения других налоговых режимов ИП плательщиками НДФЛ не являются.
С уважением, Е.Каргапольцев