Имеет ли право командир в данной ситуации отказать мне в заключении нового контракта?

Дмитрий, добрый день.

Поскольку рапорт подан — то только из-за сроков Вам не могут отказать в его рассмотрении и удовлетворении.

Как отмечено в ст. 9 Положении о порядке прохождении военной службы

9. Для заключения нового контракта военнослужащий, у которого заканчивается срок действующего контракта, не менее чем за четыре месяца до истечения его срока подает по команде рапорт должностному лицу, которое вправе заключать с ним новый контракт.
Рапорт военнослужащего регистрируется в установленном порядке. Контроль за своевременной подачей рапортов осуществляет соответствующий кадровый орган или орган комплектования воинской части.
10. Военнослужащему, не достигшему предельного возраста пребывания на военной службе, не может быть отказано в заключении нового контракта, за исключением случаев, когда он подлежит досрочному увольнению с военной службы по основаниям, установленным Федеральным законом, а также при наличии оснований, указанных в пункте 3 статьи 4 настоящего Положения.

При этом как было в свое время разъяснено в 

«Обзоре судебной практики Верховного Суда Российской Федерации за второй квартал 2011 года»(утв. Президиумом Верховного Суда РФ 28.09.2011)(ред. от 06.07.2016)

Обращение Б. с рапортом о заключении нового контракта менее чем за три месяца до истечения срока действующего контракта в силу п. 11 ст. 9 Положения о порядке прохождения военной службы не препятствовало заключению с ним такого контракта. При этом содержащееся в п. 8 ст. 9 Положения требование о сроке принятия командованием решения относительно заключения с военнослужащим контракта определяет порядок действий командования, то есть процедурный вопрос, и не ограничивает период, в течение которого военнослужащий вправе изъявить желание заключить новый контракт.