Алексей, добрый день, поскольку Вы собираетесь разводится, скорее всего этот процесс, так как у Вас дети будет происходить в суде, в суд же при разводе предоставьте соглашение о разделе совместно-нажитого имущества которым определите собственность каждого из супругов, вцелом можно так же разделить и брачным договором.
Согласно п. 1 ст. 24 СК РФ:
При расторжении брака в судебном порядке супруги могут представить на рассмотрение суда соглашение о том, с кем из них будут проживать несовершеннолетние дети, о порядке выплаты средств на содержание детей и (или) нетрудоспособного нуждающегося супруга, о размерах этих средств либо оразделе общего имущества супругов.
Таким образом вопрос раздела будет разрешаться судом и при наличии соглашения.
То есть после развода 4 комнатная квартира отходит жене в единоличную собственность я так понимаю и после этого спокойно выделяете доли.
Поскольку студия куплена с учетом средств материнского капитала, на мой взгляд в процесс третьим лицом следует привлечь орган опеки и попечительства, пояснив тот факт что получение Вами студии в единоличную собственность не противоречит интересам детей.
Согласно п. 10 «Обзора судебной практики по делам, связанным с реализацией права на материнский (семейный) капитал» где высказана следующая позиция:
Родители, приобретая жилое помещения за счет средств материнского капитала, действуют как в своих интересах, так и в интересах несовершеннолетних детей, в связи с чем в споре между родителями о разделе имущества в виде жилого помещения, приобретенного с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, родители представляют как свои интересы, так и интересы несовершеннолетних, в отношении которых у них имеется наступившее обязательство.
На мой взгляд все должно пройти нормально.
В данной ситуации Вы можете оформить студию в общую собственность на себя, супругу и детей, а затем произвести обмен долями в собственности в 4-х комнатной квартире на доли в студии, произведя таким образом и раздел имущества, и передав доли детям в 4-х комнатной квартире путем обмена.