Жку отказывается принимать акт о снятии радиаторов, заключенный ими же

В настоящий момент действует ч.1 ст.26 ЖК РФ, в соответствии с которой 

переустройство и (или) перепланировка помещения в многоквартирном доме проводятся с соблюдением требований законодательства по согласованию с органом местного самоуправления  на основании принятого им решения.

На период демонтажа радиаторов в вашем случае действовала ст.84. 

ЖК РСФСР (утв. ВС РСФСР 24.06.1983: 

Переустройство, перепланировка жилого помещения и подсобных помещений могут производиться только в целях повышения благоустройства квартиры и допускаются лишь с согласия нанимателя, совершеннолетних членов его семьи и наймодателя и с разрешения исполнительного комитета местного Совета народных депутатов.
Споры, возникающие в связи с отказом наймодателя, нанимателя или членов его семьи в производстве переустройства или перепланировки жилого помещения, разрешаются в судебном порядке, если на переустройство или перепланировку имеется разрешение исполнительного комитета местного Совета народных депутатов.
Наниматель, допустивший самовольное переустройство или перепланировку жилого или подсобного помещения, обязан за свой счет привести это помещение в прежнее состояние.

Изначально согласование с органом местного самоуправления изменение системы отопления должно было быть, поэтому непонятно, почему Вы полностью не легализовали в установленном законом порядке замену системы отопления. Тем не менее, акт у Вас есть, при том что представители ЖКУ сами же и содействовали в изменении системы отопления, в связи с чем считаю, что у Вас есть основания легализовать переустроенную систему отопления, опираясь на вышеназванный документ. Поскольку фактически централизованного отопления в квартире у Вас с 2001 года не было, соответственно  Вы не использовали, не потребляли ее энергоресурсы, то и обязанности оплачивать эту систему у Вас также не было, и считаю, нет.

В Вашей ситуации спорный момент скорее всего придется решать в судебном порядке (пожалуй, другого варианта у Вас нет), т.е. поскольку Вы откажетесь от оплаты отопления, управляющая компания на Вас подаст в суд. Но здесь Вам лучше сразу обратиться в орган местного самоуправления с заявлением о согласовании переустройства системы отопления в квартире и их отказ обжаловать в суде, обратившись с иском о сохранении системы отопления квартиры в переустроенном состоянии на основании ч.4 ст.29 ЖК РФ:

4. На основании решения суда помещение в многоквартирном доме может быть сохранено в переустроенном и (или) перепланированном состоянии, если этим не нарушаются права и законные интересы граждан либо это не создает угрозу их жизни или здоровью.

В рамках судебного разбирательства будет назначена жилищно-строительная экспертиза в части вопроса  соответствия переоборудованной системы отопления требованиям строительных норм и правил, к делу будет приобщен акт, который в 2001 году выдало Вам ЖКУ.

При этом приведу выдержку из судебной практики как раз применительно к Вашей ситуации со ссылкой на ч.4 ст.29 ЖК РФ (Апелляционное определение СК по гражданским делам Курганского областного суда от 17 июня 2014 г. по делу N 33-1780/2014):

Данная норма предусматривает одно из правовых последствий самовольного переустройства жилого помещения. Правовые последствия самовольно произведенного переустройства устанавливаются в судебном порядке с разрешением вопроса о возможности его сохранения. Наличие решения об отказе в согласовании переустройства ввиду ее несоответствия требованиям закона не является непреодолимым препятствием для признания прав истца, но с выявлением обстоятельств, не нарушающих права и законные интересы граждан либо не создающих угрозу жизни и здоровью граждан.

То есть если даже в официальном порядке Вы не получали разрешения в согласовании переустройства системы отопления, это можно сделать в судебном порядке, что прямо позволяетч.4 ст.29 ЖК РФ. С учетом того, что акт от 2001 года от ЖКУ у Вас есть, переустройство системы отопления не нарушает права и законные интересы соседей, не создают какую-либо угрозу жизни и здоровью граждан, у Вас высоки шансы в судебном порядке сохранить существующую переоборудованную в 2001 году систему отопления. Соответственно и оплачивать за централизованное отопление Вы не должны.

В помощь в вашем деле приведу выдержки и разъяснения из Апелляционного определения СК по гражданским делам Курганского областного суда от 17 июня 2014 г. по делу N 33-1780/2014 по схожему делу.

Исходя из материалов дела истица обратилась вначале в местную администрацию с заявлением о принятии решения о согласовании переустройства системы отопления принадлежащей ей квартиры, которая отказала в согласовании. Истица обратилась в суд.

Далее, выдержка

Разрешая спор, суд первой инстанции принял во внимание заключение судебной жилищно-строительной экспертизы о соответствии переоборудованной системы отопления требованиям строительных норм и правил, представленные истцом документы о выполнении работ по переустройству в соответствии с техническими условиями и проектной документацией, учел позицию представителя ответчика, огласившегося с заявленными требованиями, на основании чего пришел к выводу об обоснованности исковых требований.

Судебная коллегия считает возможным согласиться с таким выводом суда первой инстанции.

Как указано  в судебном акте, по результатам обследования эксперт пришел к выводу, что в целом система отопления соответствует требованиям строительных норм и правил проектирования многоквартирных жилых домов. Отключение радиаторов отопления в квартире истца влияет на гидравлический баланс системы отопления жилого дома в целом, увеличивая перераспределение тепла в квартирах данного многоквартирного дома. Вместе с тем, по мнению эксперта, угрозы жизни и здоровью граждан, проживающих в данном доме, а также ухудшение общедомовых инженерных систем отопления по причине отключения отопительных регистров центральной системы отопления и использования автономного внутриквартирного отопления в квартире N с применением системы теплый пол, не возникло (л.д. 90-113).

Установив, что оборудование автономного внутриквартирного отопления в виде инфракрасного теплого пола в квартире истца не повлекло нарушение прав и законных интересов граждан, угрозы их жизни и здоровью, суд пришел к правомерному выводу о сохранении квартиры N в доме N в «адрес» в переустроенном состоянии. При этом, как указал суд апелляционной инстанции,  суд первой инстанции  правильно основывал свои выводы на заключении судебной экспертизы, поскольку экспертиза проведена на основании определения суда, эксперт был предупрежден об уголовной ответственности за дачу заведомо ложного заключения, выводы экспертизы согласуются с другими доказательствами, имеющимися в материалах дела. При оценке заключения судебной экспертизы суд также верно учел то, что оно мотивированно, основано на результатах технического исследования, методической и нормативной базе.

По итогу суд второй инстанции оставил решение суда первой инстанции в силе, указав:

При таких обстоятельствах довод апеллянта о возможном нарушении теплового режима квартир, расположенных по соседству с квартирой истца, и всего дома в целом не подтвержден какими-либо доказательствами, носит предположительный характер и не свидетельствует о нарушении прав и интересов граждан.

Как видим, ситуация у Вас вполне разрешимая в судебном порядке, а действия ЖКУ не правомерны (правда решать этот вопрос придется в судебном порядке).