Здравствуйте Елена.
Независимо от того, сколько Вы проработали у данного работодателя, берутся два предыдущих года в части заработка для начисления пособия по беременности и родам, если конечно вы в данный период где-либо ранее работали, если нет, за основу берется МРОТ.
Федеральный закон от 29.12.2006 N 255-ФЗ
«Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством»
Статья 14. Порядок исчисления пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячного пособия по уходу за ребенком
1. Пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячное пособие по уходу за ребенком исчисляются исходя из среднего заработка застрахованного лица, рассчитанного за два календарных года, предшествующих году наступления временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам
За такие утверждения со стороны заведующей стоит подать на нее жалобу вышестоящему руководству. Вы вправе подать заявление в прокуратуру будет проведена проверка в рамках которой разберутся и защитят Ваши права и интересы.