Законно ли в магазине отказываются продавать сигареты по карте?

Доброго времени суток! 
Это не законно. Существуют ограничения, только по возрасту, но не по способу расчета. Вы вправе по данному факту подать жалобу в Роспотребнадзор и/или предъявить претензию продавцу. Но, запаситесь доказательствами.
Это не исчерпывающая информация.
Дать более подробную консультацию не представляется возможным, так как информации недостаточно, а данные случаи специфичны и индивидуальны.
Если, что-то осталось неясным или нужна дополнительная помощь, обращайтесь  в чат, я или мои коллеги обязательно поможем. 
Удачи и успехов вам.