Кирилл здравствуйте!
Начиная с 7 октября 2018 года, когда вступил в силу новый Приказ №399, где прямым текстом указано:
В случае замены двигателя транспортного средства на аналогичный по типу и модели, внесение сведений в банки данных о владельцах транспортных средств о его номере осуществляется регистрационным подразделением Госавтоинспекции при производстве регистрационных действий на основании результатов осмотра без представления документов, удостоверяющих право собственности на него.
То есть формально оформлять в ГИБДД замену двигателя не нужно. А, так как в ПТС числится номер старого мотора, то его обязаны заменить при любом регистрационно действии в дальнейшем: перерегистрации машины при её продаже и других.
Более того, в новом правовом акте чётко предписан запрет требовать документы на новый агрегат.