Могут ли быть проблемы с налоговой службой?

Здравствуйте, Евгений!

Могут ли быть проблемы, тьфу тьфу?

Евгений

оснований для этого нет, поскольку Вы все верно понимаете касательно положений налогового законодательства Российской Федерации о возврате излишне уплаченного налога, однако исключить самодеятельность сотрудников налоговой инспекции нельзя.

в качестве подтверждения верного понимания Вами положений статьи 78 Налогового кодекса Российской Федерации, касающихся возврата излишне уплаченного налогоплательщиком налога, приведу выдержку из одного судебного акта - Апелляционное определение Московского областного суда от 21.08.2013 по делу N 33-14211/2013 

Однако, по мнению судебной коллегии, наличие недоимки по транспортному налогу не является препятствием для предоставления имущественного налогового вычета, поскольку в силу абз. 2 п. 6 ст. 78 НК РФ возврат налогоплательщику суммы излишне уплаченного налога при наличии у него недоимки по иным налогам соответствующего вида или задолженности по соответствующим пеням, а также штрафам, подлежащим взысканию в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, производится только после зачета суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки (задолженности).

Между тем, НДФЛ является федеральным налогом, а транспортный налог — региональным, т.е. налогом иного вида.