Каким образом происходит оплата по программе "Молодая семья"?

Здравствуйте, Борис!

они заплатили налог на прибыль с наших денег, правильно или нет,

Борис

да, конечно, правильно, это обязанность любого налогоплательщика уплачивать налог с полученного дохода в соответствии с применяемой системой налогообложения, если он только не освобождается законом от налога.

сумма не маленькая и нам бы она не помешала при строительстве

Борис

так Вы уже не имеете прав на эти денежные средства уплатив их строителям за их работу. 

кроме того, по п.5 ст.220 НК Вы не можете их учесть в расходах по приобретению (строительству) в целях получения налогового имущественного вычета.