Имеет ли право работодатель не оплачивать командировку по основному месту работы?

А как тогда оформляют ваше отсутствие на работе по основному месту работы?

Здравствуйте Дмитрий.

Вам оплачивать командировку обязаны в любом случае по тому месту работы, от которого исходит командировка, если это по должности внутреннего совместительства, то по данной должности. т.е. основное место здесь ни при чем.

Вот если бы было оформлено совмещение, а не совместительство, в таком случае оплачивать были бы обязаны по основной должности. так как при совмещении один трудовой договор по основной но при этом совмещается еще одна должность, а при совместительстве два разных трудовых договора и оплата происходит по каждому из них независимо от  другого.