Добрый день Денис!
Исходя из содержания ст. 410 Гражданского кодекса РФ обязательство (в том числе по оплате) может быть полностью или частично прекращено зачетом на основании заявления одной стороны при соблюдении следующих условий:
— требования являются однородными;
— срок исполнения требований наступил либо не указан или определен моментом востребования;
— требования являются встречными, то есть кредитор по одному обязательству является должником по другому и наоборот.
Случаи, когда прекращение обязательства зачетом не допускается, могут быть предусмотрены также законом или договором (ст. 411 Гражданского кодекса РФ).
То есть, ответ на Ваш вопрос зависит от того, нет ли запрета на зачет встречных однородных требований в условиях Вашего с застройщиком договора ДДУ (как правило, такие запреты предусматриваются застройщиками и зачет возможен исключительно на основании соответствующего соглашения сторон).
Если договор не предусматривает условия о том, что зачет возможен только по соглашению, то можете осуществлять зачет.