Правомерно ли начисление неустойки по данному договору?

Да если договором предусмотрена неустойка за просрочку выполнения промежуточных платежей, либо в принципе за невыполнение обязательств по оплате договора, то Вы имеете право начислять неустойку с момента наступления срока платежа по договору по момент его фактической оплаты. Тот факт что все платежи в итоге произведены не аннулирует Ваше право взыскивать неустойку за несвоевременность произведенный платежей.

Здравствуйте Оксана, согласно пунктам 67-68Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 24.03.2016 N 7 (ред. от 07.02.2017) «О применении судами некоторых положений Гражданского кодекса Российской Федерации об ответственности за нарушение обязательств»

Если договором установлена неустойка за неисполнение обязанностей, связанных с последствиями прекращения основного обязательства, то условие о неустойке сохраняет силу и после прекращения основного обязательства, возникшего на основании этого договора (пункт 3 статьи 329 ГК РФ).68. Окончание срока действия договора не влечет прекращение всех обязательств по договору, в частности обязанностей сторон уплачивать неустойку за нарушение обязательств, если иное не предусмотрено законом или договором (пункты 3, 4 статьи 425 ГК РФ). Для более детальной консультации необходимо проанализировать Ваш договор. Также если в договоре указано о рассрочке платежей, и факт несвоевременного гашения подтверждается документально, то Вы праве претендовать на неустойку рассчитанную от дня исполнения обязательств по договору до дня фактического исполнения по каждому платежу.