Ордер выдается на конкретную квартиру по указанном в нем адресу. Ордер не может быть обналичен. Если вы пишете, что ордера хватило только на покупку однокомнатной квартиры, то я рискну предположить, что речь идет не об жилищном ордере, а государстенном жилищном сертификате (ГЖС).
Ваш отец согласился быть обеспеченным жильем по ГЖС, поэтому Минобороны России выполнило перед ним свое обязательство по обеспечению жильем. Соответственно ваш отец обязан был сдать квартиру в военном городке. Более того, перед получением ГЖС он в обязательном порядке должен был подписать обязательство о сдаче квартиры в военном городке. Почему он не выполнил данное обязательство, спросите отца об этом сами.
Можно ли оставить себе сейчас данное жилье? Ответить на данный вопрос сложно, так как перед этим необходимо выяснить статус этого жилья сегодня (многие военные городки Минобороны России передало муниципальным властям). Поэтому обратитесь с данным вопросом к юристам по месту вашего жительства. Удачи!