Данил, добрый день!
Продажа недвижимости в этом случае не происходит самому себе.
В соответствии с п. 1 ст. 48 ГК РФ
Юридическим лицом признается организация, которая имеет обособленное имущество и отвечает им по своим обязательствам, может от своего имени приобретать и осуществлять гражданские права и нести гражданские обязанности, быть истцом и ответчиком в суде.
Директор юридического лица это один из органов юридического лица. Следовательно, организация и ее руководитель это не одно и то же, это два разных лица, которые между собой могут заключать сделки.
Организация вправе продать свое имущество директору/участнику, в т.ч. недвижимое. При продаже жилого помещения (дома) у организации на ОСНО возникает обязанность только уплатить налог на прибыль. НДС не уплачивается в силу положений ст. 149 НК РФ.
Согласно пп. 22 п. 3 ст. 149 НК РФ
Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) на территории Российской Федерации следующие операции:
реализация жилых домов, жилых помещений, а также долей в них;
Налог на прибыль при уплате подлежит уменьшению на цену приобретения жилого помещения (дома). Т.е. налог уплачивается организацией с разницы между ценой продажи и ценой покупки.
Согласно пп. 2 п. 1 ст. 268 НК РФ
При реализации товаров и (или) имущественных прав налогоплательщик вправе уменьшить доходы от таких операций на стоимость реализованных товаров и (или) имущественных прав, определяемую в следующем порядке:
при реализации прочего имущества (за исключением ценных бумаг, продукции собственного производства, покупных товаров) — на цену приобретения (создания) этого имущества, если иное не предусмотрено пунктом 2.2 статьи 277 настоящего Кодекса, а также на сумму расходов, указанных в абзаце втором пункта 2 статьи 254 настоящего Кодекса;
Договорная цена объекта продажи должна быть рыночной в соответствии с положениями ст. 105.3 НК РФ, поскольку стороны сделки будут являться взаимозависимыми лицами, а организация — уплачивать налог на прибыль.
Как должна происходить оплата между физ.лицом(директором-учредителем) и юр.лицом(которое принадлежит директору-учредителю)?
Оплата возможна как наличными, так в безналичном порядке.
В соответствии с п. 5 Указания Банка России от 07.10.2013 N 3073-У «Об осуществлении наличных расчетов»
Наличные расчеты в валюте Российской Федерации и иностранной валюте между участниками наличных расчетов и физическими лицами осуществляются без ограничения суммы.
Верно, поскольку юридическое лицо выручает денежные средства от продажи (при наличии той самой прибыли).
Из изложенной ситуации делаю вывод, что продажа объекта не связана с осуществлением директором как физическим лицом предпринимательской деятельности, поэтому расчеты возможны в любой предусмотренной законом форме (как в наличной форме, так и в безналичной).