Здравствуйте! Если у Вас реорганизация происходит именно путем слияния с другой организацией, то в результате будет организовано юридическое лицо, являющееся полным правопреемником организаций, участвующих в слиянии (т.е. 1 организация + 2 организация = 3 организация), при этом трудовые договоры с работниками указанных организаций даже нет необходимости переоформлять. В трудовых книжках делается запись об указанном событии. В данном случае не оформляется также и перевод. Таким образом, у Ваш неотгулянный отпуск сохраняется, ничего не меняется.
Если имеется в виду, что Вас хотят из текущей организации уволить, а в другой оформить через прием (не через перевод), тогда при увольнении Вам должны будут оплатить компенсацию за неиспользованный отпуск.
Если у Вас остались дополнительные вопросы, то с радостью отвечу на них.