Доброго дня !
В данном случае, увеличение размера оплаты должно быть по соглашению Сторон. если конкретные цены уже были оговорены Сторонами и отражены в договоре или приложениях к нему. Но при этом нужно посмотреть условия договора, нет ли ограничения по увеличению размера оплаты/ стоимости. В противном случае НДС увеличится на 2% и соответственно прибыл уменьшится в аналогичном размере.
В любом случае, если говорить об изменениях условий договора, касаемо, цены, то письменное соглашение должно быть. Т.к. все изменения по договору осуществляются в то же форме, что и сам договор, т.е. письменной (согласно нормам ГК РФ).