Вправе ли командир отказать в продлении контракта из-за личного конфликта с ним?

Здравствуйте! Порядок заключения нового контракта с военнослужащим определен в Положении о порядке прохождения военной службы п.10, ст.9: Военнослужащему, не достигшему предельного возраста пребывания на военной службе, не может быть отказано в заключении нового контракта, за исключением случаев, когда он подлежит досрочному увольнению с военной службы по основаниям, установленным Федеральным законом (п.2, ст.51, 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»), а также при наличии оснований, указанных в пункте 3 статьи 4 настоящего Положения.

Контракт не может быть заключен с гражданином (иностранным гражданином), в отношении которого вынесен обвинительный приговор и которому назначено наказание, в отношении которого ведется дознание либо предварительное следствие или уголовное дело в отношении которого передано в суд, имеющим неснятую или непогашенную судимость за совершение преступления, а также отбывавшим наказание в виде лишения свободы. Контракт не может быть заключен с гражданином, лишенным на определенный срок вступившим в законную силу решением суда права занимать воинскую должность, в течение этого срока.

При отрицательном решении аттестационной комиссии должны основания определенные законодательством. Соответственно, если данных оснований  не будет, вы имеете полное право обжаловать решение аттестационной комиссии.