Можно ли работать с данным ООО в данной ситуации?

Здравствуйте, Виктор.

В случае приобретения товара, обремененного правами третьих лиц, о которых покупателю, на момент заключения сделки, не было известно, покупатель вправе требовать уменьшения покупной цены товара, либо расторжения договора купли-продажи.

П. 1 и п. 2 Ст. 565 ч. 2 ГК РФ

1. Последствия передачи продавцом и принятия покупателем по передаточному акту предприятия, состав которого не соответствует предусмотренному договором продажи предприятия, в том числе в отношении качества переданного имущества, определяются на основании правил, предусмотренных статьями 460 — 462, 466, 469, 475, 479 настоящего Кодекса, если иное не вытекает из договора и не предусмотрено пунктами 2 — 4 настоящей статьи.
3. Покупатель вправе требовать уменьшения покупной цены в случае передачи ему в составе предприятия долгов (обязательств) продавца, которые не были указаны в договоре продажи предприятия или передаточном акте, если продавец не докажет, что покупатель знал о таких долгах (обязательствах) во время заключения договора и передачи предприятия.

П. 1 ст. 460 ч.2 ГК РФ

Продавец обязан передать покупателю товар свободным от любых прав третьих лиц, за исключением случая, когда покупатель согласился принять товар, обремененный правами третьих лиц.
Неисполнение продавцом этой обязанности дает покупателю право требовать уменьшения цены товара либо расторжения договора купли-продажи, если не будет доказано, что покупатель знал или должен был знать о правах третьих лиц на этот товар.

—

С уважением.

Необходимо признавать заключенный между Вами договор купли-продажи 100% доли в уставном капитале ООО и применить последствия недействительности указанной сделки в виде возврата Продавцу доли в размере 100 % уставного капитала  и взыскании с него денежных средств, полученных по недействительной сделке.
В зависимости от всех обстоятельств, необходимо доказать недобросовестность Продавца  и злоупотреблении им своими правами, заблуждение в отношении обстоятельств, из наличия которых Вы исходили при совершении сделки, и т.д.
В силу пунктов 1 и 5 статьи 10 Кодекса не допускаются действия граждан и юридических лиц, осуществляемые исключительно с намерением причинить вред другому лицу, действия в обход закона с противоправной целью, а также иное заведомо недобросовестное осуществление гражданских прав (злоупотребление правом). Добросовестность участников гражданских правоотношений и разумность их действий предполагаются.
Под злоупотреблением правом понимается умышленное поведение управомоченного лица по осуществлению принадлежащего ему гражданского права, сопряженное с нарушением установленных в статье 10 Кодекса пределов осуществления гражданских прав. Согласно пункту 7 постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 23.06.2015 N 25 «О применении судами некоторых положений раздела I части первой Гражданского кодекса Российской Федерации», если совершение сделки нарушает запрет, установленный пунктом 1 статьи 10 Кодекса, в зависимости от обстоятельств дела такая сделка может быть признана судом недействительной (пункты 1 или 2 статьи 168 Кодекса).
. При ознакомлении со всеми документами, есть вероятность и других вариантов решения Вашего вопроса.
Работать с таким ООО будет практически невозможно, поскольку налоговые органы будут обращаться в суд о взыскании задолжности с применением обеспечительных мер.