Где ведется следствие по факту ДТП с участием военных машин?

Если это административное правонарушение (вред здоровью легкий или средней тяжести) решение принимает командир Вашей части согласно

«Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях» от 30.12.2001 N 195-ФЗ (ред. от 03.08.2018) (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.10.2018)КоАП РФ Статья 2.5. Административная ответственность военнослужащих, граждан, призванных на военные сборы, и лиц, имеющих специальные звания

(в ред. Федерального закона от 04.12.2006 N 203-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

 
1. За административные правонарушения, за исключением административных правонарушений, предусмотренных частью 2 настоящей статьи, военнослужащие, граждане, призванные на военные сборы, и имеющие специальные звания сотрудники Следственного комитета Российской Федерации, органов внутренних дел, войск национальной гвардии Российской Федерации, органов и учреждений уголовно-исполнительной системы, Государственной противопожарной службы и таможенных органов в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, регламентирующими прохождение военной службы (службы) указанными лицами и их статус, несут дисциплинарную ответственность.

Добрый день. Ответственность за причинение легкого или средней тяжести вреда здоровью предусмотрена Кодексом об административных правонарушениях: 

Статья 12.24. Нарушение Правил дорожного движения или правил эксплуатации транспортного средства, повлекшее причинение легкого или средней тяжести вреда здоровью потерпевшего
1. Нарушение Правил дорожного движения или правил эксплуатации транспортного средства, повлекшее причинение легкого вреда здоровью потерпевшего, — влечет наложение административного штрафа в размере от двух тысяч пятисот до пяти тысяч рублей или лишение права управления транспортными средствами на срок от одного года до полутора лет.
2. Нарушение Правил дорожного движения или правил эксплуатации транспортного средства, повлекшее причинение средней тяжести вреда здоровью потерпевшего, — влечет наложение административного штрафа в размере от десяти тысяч до двадцати пяти тысяч рублей или лишение права управления транспортными средствами на срок от полутора до двух лет.
Примечания:
1. Под причинением легкого вреда здоровью следует понимать кратковременное расстройство здоровья или незначительную стойкую утрату общей трудоспособности.
2. Под причинением средней тяжести вреда здоровью следует понимать неопасное для жизни длительное расстройство здоровья или значительную стойкую утрату общей трудоспособности менее чем на одну треть.

При причинении тяжкого вреда здоровью предусмотрена уголовная ответственность, но это явно не Ваш случай. Так что подобные звонки с угрозами что Вас посадят и вымогательство денег противоправны. Вы можете записать на диктофон; если больше не звонят, то напишите рапорт на имя командира, где напишите, кто, когда и на какой номер звонил и что говорил. Эти сведения пригодятся в дальнейшем помощнику командира части по правовой работе, когда потерпевшие обратятся в суд с иском о возмещении ущерба (ремонт машины) и компенсации морального вреда. 

Составляют протокол и выносят постановление о привлечении к административной ответственности сотрудники ГИБДД. (ч.2 ст. 2.5 КОАП РФ)