Выплачивать ли НДС компании на УСН, если впоследствии нужно вернуть клиенту часть оплаты?

Уважаемая Татьяна! Здравствуйте! Действительно, согласно абзацев 1 и 2 п.4 ст.174 НК РФ

Уплата налога лицами, указанными в пункте 5 статьи 173 настоящего Кодекса, производится по итогам каждого налогового периода исходя из соответствующей реализации товаров (работ, услуг) за истекший налоговый период не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.
(в ред. Федерального закона от 29.11.2014 N 382-ФЗ)

В случаях реализации работ (услуг), местом реализации которых является территория Российской Федерации, налогоплательщиками — иностранными лицами, не состоящими на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков, уплата налога производится налоговыми агентами одновременно с выплатой (перечислением) денежных средств таким налогоплательщикам.

При этом в силу п.5.2 ст. 174 НК РФ

лица, не являющиеся налогоплательщиками, налогоплательщики, освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, не признаваемые налоговыми агентами, в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, предусматривающих реализацию и (или) приобретение товаров (работ, услуг), имущественных прав от имени комиссионера (агента), или на основе договоров транспортной экспедиции (если при определении налоговой базы в порядке, установленном главами 23, 25, 26.1 и 26.2 настоящего Кодекса, в составе доходов учитываются доходы в виде вознаграждения при исполнении договоров транспортной экспедиции), а также при выполнении функций застройщика обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующий журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур в отношении указанной деятельности по установленному формату в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота в срок не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.

Учитывая, что налоговым периодом по НДС является квартал (ст.163 НК РФ), то точно ли сегодня последний день оплаты НДС? Почему сегодня?

Далее, если Вы на УСН, то выставили счет -фактуру, Вы в любом случае обязаны уплатить НДС.

Далее

но от клиента пришел запрос на возврат части оплаченных средств по невыполненным работам

У Вас расторжение договора или что? Какие-то работы все-таки выполнили или как?

Здравствуйте. Если Вы являетесь плательщиком УСН и сами выставили счет-фактуру с выделенным НДС, то Вы должны перечислить его в бюджет ( пп.1 п. 5 ст. 173 НК РФ). Кроме того, по перечисленным в бюджет денежным средствам Вам придется отчитаться в свою инспекцию. Т.е. Вы должны будете уплатить НДС и представить декларацию за тот квартал, в котором Вами были выставлены счета-фактуры (п. 5 ст.174 НК РФ) до 25 числа месяца идущего за отчетным кварталом.

Что касается выплаты налога, то на мой взгляд логичнее произвести пересчет и опоздать на пару дней с оплатой НДС, поскольку зачет у Вас может не получиться.