Подскажите, как лучше поступить? Есть ли другие варианты?

Здравствуйте, Андрей!

 Предлагают подать заявление на 2 енвд и декларацию задним числом.

Заявление подать задним числом нельзя. Его у вас скорее всего не примут. Это незаконно. 

Статья 346.28. Налогоплательщики
3. Организации или индивидуальные предприниматели, изъявившие желание перейти на уплату единого налога, подают в налоговые органы в течение пяти дней со дня начала применения системы налогообложения, установленной настоящей главой, заявление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.

Поэтому у вас остается только второй вариант. Платить НДФЛ. 

штраф 10т.р. и 20% с выписки за 3 года с р/с, там больше миллиона в сумме выходит

Если быть точным, то платить нужно 13% от всей выручки по выписке. И на эту сумму начисляется штраф.  Еще в данной ситуации может возникнуть вопрос о доначислении НДС, но в этой ситуации вы можете попробовать воспользоваться освобождением на основании ст.145 НК РФ.  

Предлагают подать заявление на 2 енвд и декларацию задним числом. Либо 3ндфл, но нужны расходные чеки для вычета, которых у меня нет, не собирал. Подскажите, как лучше поступить?

Андрей

Андрей, добрый день! Странно, что налоговая предлагает и видимо готова принять заявление на ЕНВД по данному виду деятельности задним числом. Это в принципе незаконно и скорее всего так сделать не получится. Соответственно поскольку у Вас ЕНВД применялся только под кокретный вид деятельности (розничная торговля) то, остальные доходы полученные от перевозок долджны облагаться в рамках ОСНО — т.е. с уплатой 13% НДФЛ. Будь у Вас еще и УСН

ст. 346.26 НК РФ

Организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся налогоплательщиками единого налога, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (в отношении операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с главой 21 настоящего Кодекса, осуществляемых в рамках предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом)

что касается НДС, то согласно ч. 1 ст. 145 НК РФ

  индивидуальные предприниматели имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (далее в настоящей статье — освобождение),если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) этих организаций или индивидуальных предпринимателей без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей.