Как быть, если налоговики утверждают о закрытии счета?

Здравствуйте. Для полного ответа на вопрос слишком мало информации. Каким документом руководствуется налоговая — решением, актом сверки? 

В любом случае, блокировка счета происходит на основании мотивированного  решения налогового органа, которое Вы вправе обжаловать в вышестоящий налоговый орган, а затем — в суд, в том числе и по причине пропуска срока исковой давности по взысканию пени по налогу на имущество.