Здравствуйте. Какой ещё протокол осмотра? Зачем он ЗАГСу понадобился? Согласно ст.64 ФЗ «Об актах гражданского состояния» от 15.11.1997 N 143-ФЗ основанием для государственной регистрации смерти является:
документ о смерти, выданный медицинской организацией, индивидуальным предпринимателем, осуществляющим медицинскую деятельность, или в случае, предусмотренном Федеральным законом от 5 июня 2012 года N 50-ФЗ «О регулировании деятельности российских граждан и российских юридических лиц в Антарктике», другим уполномоченным лицом. Форма указанного документа и порядок его выдачи устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере здравоохранения;
Всё остальное выдумки ЗАГСа.
Будут в ЗАГСе продолжать требовать протокол, посоветуйте им прочитать указанную статью. Хотя они обязаны знать её.