Заполнение КУДиР у ИП при платежах через платежную систему в сети интернет

Добрый день! Вы должны отражать у КУДиР полную сумму 1000 руб., так как при УСН 6% расходы в виде комиссии не учитываются.

Или каждый платеж моего клиента?

Нет, не обязательно, так как в отношении клиентов-физ. лиц можно вести обезличенный учет.

Татьяна, доброго времени суток.

Приказ Минфина России от 22.10.2012 N 135н (ред. от 07.12.2016) «Об утверждении форм Книги учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, Книги учета доходов индивидуальных...II. Порядок заполнения раздела I »Доходы"
 

2.1. В графе 1 указывается порядковый номер регистрируемой операции.
2.2. В графе 2 указывается дата и номер первичного документа, на основании которого осуществлена регистрируемая операция.
2.3. В графе 3 указывается содержание регистрируемой операции.
2.4. В графе 4 отражаются доходы от реализации, полученные в связи с осуществлением предпринимательской деятельности, указанной в патенте, и определяемые в соответствии со статьей 249 Кодекса. Порядок определения, признания и учета доходов от реализации при патентной системе налогообложения установлен пунктами 2 - 5 статьи 346.53 Кодекса.
В графе 4 не учитываются доходы, полученные по иным видам предпринимательской деятельности, налогообложение которых осуществляется в соответствии с иными режимами налогообложения.

В данном случае в книге учета вы должны указать полную сумму, то есть 1000 рублей, то есть сумму с учетом комиссии, а не «чистый доход». Что касается записи, то в данном случае вы можете указывать не каждый платеж, а сумму в целом, поступившую на ваш счет. 

Удачи вам в разрешении вашего вопроса!