Работодатель не выплатил компенсацию при увольнении по соглашению сторон

Здравствуйте!

Учитывая, что

При моем увольнении нами было подписано соглашение сторон, в котором я должна получить компенсацию в размере 3х окладов. 

В данном случае я бы рекомендовала Вам обращаться непосредственно в суд. В государственную инспекцию труда можете обратиться, но в суд эффективнее.

Усугубит ли процесс семейственность?

Нет, в данном случае суд будет рассматривать исковое заявление работника, права которого были нарушены.

Добрый день!

Обращайтесь сразу в суд. Наверное не стоит инициировать проверку компании трудовой инспекцией, это же и Ваша компания. 

Устав к спору о зарплате не имеет никакого отношения. Устав должен хранится по месту нахождения общества у генерального директора. Даже, если он докажет, что устав  Вы забрали, за это нет никакой ответственности. Тем более, что копию устава он может в любой момент получить в ИФНС.