Наталья, здравствуйте.
Если полномочия ген.дир-ра установлены уставом, то заключение трудового договора с ним обязательным не является.
В отношении отчетности -законом предусмотрена обязанность в ее предоставлении.
В ФСС по страховым взносам от несчастных случаев -ежеквартально
В ФНС — по итогам года декларация по УСН. (пп.1 п.1 ст.346.23 НК РФ)
По НДФЛ — отчетности нет, так как ООО не производило выплат физ.лицам. ((абз. 3 п. 2 ст. 230 НК РФ, п. 2 ст. 226 НК РФ.)
Отчеты по страховым взносам (по единой форме для взносов от нетрудоспособности, пенсионным и взносов на обязателное мед.страхование) -также такая обязанность отсутствует по той же причине (п. 7 ст. 431 НК РФ)
Таким образом, Вами пропущен только срок сдачи налоговой декларации по УСН.
В соответствии со ст.119 НК РФ
1. Непредставление в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации (расчета по страховым взносам) в налоговый орган по месту учета
влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов не уплаченной в установленный законодательством о налогах и сборах срок суммы налога (страховых взносов), подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации (расчета по страховым взносам), за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей.
Всего доброго!