Вячеслав, здравствуйте.
Пятилетний срок ограничения исчисляется с даты последнего ознакомления с документом, содержащим сведения, составляющие гос.тайну.
В силу ст. 15 ФЗ от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»
Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:
1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.
В этой связи Вам в первую очередь обращаться с заявлением в Межведомственную комиссию, с заявлением о снятии ограничений.
Заявление Вы подаете в произвольной форме, в котором указываете, что фактически не знакомились со со сведениями составляющими ГТ и просите снять установленные Вам ограничения.
Решение Комиссии о снятии временного ограничения права гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации доводится в установленные сроки в виде выписки из протокола заседания Комиссии до Федеральной миграционной службы, а в случаях, предусмотренных статьей 8 Федерального закона «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», также до Министерства иностранных дел Российской Федерации, дипломатических представительств или консульских учреждений Российской Федерации.
При выявлении случаев необоснованного ущемления прав и законных интересов граждан Комиссия направляет материалы руководителям соответствующих государственных органов и организаций или передает их в органы прокуратуры.