Могут ли быть проблемы если заказчик будет платить аффелированным ООО и ИП

Уважаемый Артём! Здравствуйте! Надо детальней разбираться. Если у Заказчика ОСН, — соответственно, налог на прибыль (см. ст.252 НК РФ).

А УСН — доходы или доходы минус расходы? Во втором случае также смотрим ст.252 НК РФ.

По сути главное, чтобы было реальное оказание услуг/выполнение работ, продажа товаров. Цены соответствовали рыночным, всё должно быть должным образом задокументировано. 

Если там сделки с заинтересованностью или крупные сделки (для ООО) — соответственно решения участников ООО (см. Федеральный закон от 08.02.1998 №14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью»).

Здравствуйте, Артем!

могут ли быть проблемы у меня или заказчика?

Не совсем понятно, вы не заказчик? То есть вы ИП, который получает платежи за услуги?
Здесь все зависит от того, имеется ли у этих взаимозависимых лиц (ИП и ООО) налоговая выгода от того, что платежи приходят на разных лиц. Если выгодна есть — то налоговый орган может признать ее необоснованной и начислить налоги.

У заказчика тоже есть некоторый риск. Даже не будучи взаимозависимым с ООО или ИП заказчик должен достаточно тщательно проверять своих контрагентов. Если обнаружится, например, что у ИП или ООО нет никаких актив или работников для должного оказания приобретаемых услуг, то сделки могут признать фиктивной и все расходы и вычету у заказчика будут убраны из расчета налоговых баз. 

Здравствуйте!

В законодательство РФ нет ограничений в том, что участник может быть индивидуальным предпринимателем. Соответственно ничего страшного, что Заказчик платит и ООО и ИП за определённые услуги. Ип может предоставлять одни услуги, а ООО другие. Схема проста. Любому можно объяснить, что ООО предназначена на предоставление определённого круга услуг, а ИП на другие услуги. При этом Заказчик, т.к. он на ОСНО попадает на НДС.