Что делать, если я работаю на замене сотрудницы, которая вышла из декрета и утратила компетенцию?

Добрый день!

Согласно ст. 79 ТК РФ трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника на работу.

Так как Вы работали на декретной ставке, то в день выхода на работу основной работницы Вас должны были уволить в связи с истечением срока трудового договора

Так в ст. 77 ТК РФ указано основаниями прекращения трудового договора являются: истечение срока трудового договора, за исключением случаев, когда трудовые отношения фактически продолжаются и ни одна из сторон не потребовала их прекращения.
Если по истечении срока трудового договора стороны не потребовали его расторжения, условие о срочном характере договора утрачивает силу автоматически и он считается заключенным на неопределенный срок (ч. 4 ст. 58 ТК РФ).

В трудовой договор в таком случае вносятся изменения путем заключения допсоглашения. Такой вывод следует из Письма Роструда от 20.11.2006 N 1904-6-1.
Получается, в Вашем случае так как основная работница вышла из декрета, а Вы продолжаете работать, то Ваш договор теперь становится бессрочным.
Так что Вас теперь на основании истечения срока трудового договора и не могут уволить, если Вы и основная работница в настоящее время работаете вместе. Руководство теперь само должно определиться с тем, кто будет работать, а чью ставку сократят (если конечно, работница вышла по достижении ребенка трехлетнего возраста) с соблюдением всей процедуры и со всеми выплатами. Либо оно должно с кем-то договориться об увольнении по соглашении сторон. Либо кто-то из Вас по собственной инициативе может уволиться.