Какое заявление подать в милицию, чтоб зафиксировать пропажу и обезопасить себя?

Не совсем понятно, от чего вы хотите себя обезопасить, но если вам нужно официально зафиксировать факт утраты, рекомендую написать заявление о том,  что вы потеряли флешку с файлами:.....  перечислить, просите помочь найти. Полиция конечно ни чего не сделает, кроме того, что-бы опросить вас, потом заявление спишут в номенклатурное дело. Но факт обращения будет зафиксирован. Если дежурная часть буден пытаться не принять заявление, направляйте в отдел ценным письмом с описью вложения. Такие письма они обязаны регистрировать.