Что делать, если работодатель обманул с перечислением аванса?

Здравствуйте, по агентскому договору Вы не должны отрабатывать 2 недели.  Агентский это не трудовой договор.

Статья 1005. Агентский договор  
1. По агентскому договору одна сторона (агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала.
По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за счет принципала, приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.
По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от имени и за счет принципала, права и обязанности возникают непосредственно у принципала.
2. В случаях, когда в агентском договоре, заключенном в письменной форме, предусмотрены общие полномочия агента на совершение сделок от имени принципала, последний в отношениях с третьими лицами не вправе ссылаться на отсутствие у агента надлежащих полномочий, если не докажет, что третье лицо знало или должно было знать об ограничении полномочий агента.
3. Агентский договор может быть заключен на определенный срок или без указания срока его действия.
4. Законом могут быть предусмотрены особенности отдельных видов агентского договора.

Если  Принципал Вам не оплатить суммы прописанные в договоре пишите претензию и обращайтесь в суд. Удачи!