Добрый день! Так как факт продажи был в 2002 г., нужно применять нормы, действующие в то время.
В 2002 г. в ст. 217 НК РФ (в ред., действовавшей до 31.12.2002) отсутствовало положение, предусматривающее освобождение от НДФЛ доходов от продажи недвижимого имущества, находившегося в собственности более 3 лет.
В любом случае Вы продавали не квартиру, как недвижимость, а право требования на нее, что является имущественным правом.
В ст. 220 НК РФ (в ред., действовавшей до 31.12.2002) также были предусмотрены имущественные вычеты при продаже имущества.
Согласно ст. 38 НК РФ под имуществом в НК РФ понимаются виды объектов гражданских прав (за исключением имущественных прав), относящихся к имуществу в соответствии с ГК РФ.
Каких-либо положений, позволяющих уменьшить доходы от продажи права на квартиру (при уступке права требования), в ст. 220 НК РФ (в той редакции) нет.
В действующей редакции ст. 220 НК РФ такие положения есть: согласно п. 2 ст. 220 НК РФ при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (имущественных прав).
То есть НК РФ предоставил возможность платить НДФЛ с разницы.
Таким образом, на мой взгляд, налог на доходы физлиц нужно было заплатить. Единственное, что срок давности привлечения Вас к налоговой ответственности истек, поэтому штрафа не должно быть.