Как должен действовать работодатель при закрытии филиала организации?

Если вы напишите по собственному желанию, то выходное пособие вам скорее всего не заплатят, вы вправе добивать увольнения по сокращению штата или по соглашению сторон с выплатой денежной компенсации. Существует порядок предусмотренный ТК РФ по сокращению численности работников (статьи 178, 180 ТК РФ). — 1) необходимо письменно под роспись предупредить работника о сокращении НЕ МЕНЕЕ ЧЕМ за 2 месяца до предполагаемого сокращения. Но допускается с согласия работника увольнения ранее срока предупреждения, при условии, что работодатель выплатить компенсацию за данный срок предупреждения (поэтому, если Вы согласитесь на увольнения ранее срока предупреждения, вам должны выплатить компенсацию за данный срок предупреждения) 2) Необходимо предложить работнику имеющиеся вакансии в данной организации, которые соответствуют уровню квалификации работника и состоянию здоровья; 3) Если сокращение неизбежно, необходимо выплатить предусмотренное законом выходное пособие в размере среднемесячного заработка + за работникам сохраняется среднемесячный заработок на период трудоустройства. А также, если работник в течении двух недель после увольнения станет на учёт в центре занятости и не будет им трудоустроен, то среднемесячный заработок сохраняется за третий месяц. 

Статья 81 ТК РФ. Расторжение трудового договора по инициативе работодателя

Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:
1) ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем;

В случае прекращения деятельности филиала, представительства или иного обособленного структурного подразделения организации, расположенного в другой местности, расторжение трудовых договоров с работниками этого подразделения производится по правилам, предусмотренным для случаев ликвидации организации.

Согласно ст. 178 ТК РФ При расторжении трудового договора в связи с ликвидацией организации (пункт 1 части первой статьи 81 настоящего Кодекса) либо сокращением численности или штата работников организации (пункт 2 части первой статьи 81 настоящего Кодекса) увольняемому работнику выплачивается выходное пособие в размере среднего месячного заработка, а также за ним сохраняется средний месячный заработок на период трудоустройства, но не свыше двух месяцев со дня увольнения (с зачетом выходного пособия).

Таким образом при увольнении в связи с ликвидацией филиала Вам положено выходное пособие на период трудоустройства. 

В соответствии со ст. 180 ТК РФ О предстоящем увольнении в связи с ликвидацией организации, сокращением численности или штата работников организации работники предупреждаются работодателем персонально и под роспись не менее чем за два месяца до увольнения.

Работодатель с письменного согласия работника имеет право расторгнуть с ним трудовой договор до истечения срока, указанного в части второй настоящей статьи, выплатив ему дополнительную компенсацию в размере среднего заработка работника, исчисленного пропорционально времени, оставшемуся до истечения срока предупреждения об увольнении.

Исходя из изложенного работодатель вправе Вас уволить в связи с ликвидацией филиала, однако обязан Вас был предупредить письменно и под роспись за 2 месяца, а также обязан выплачивать выходное пособие. При увольнении по собственному желанию Вы бы освободили его от подобной головной боли.